Hingga kini, jumlah pasti korban tewas dalam Tragedi Tanjung Priok masih menyisakan perdebatan panjang akibat kuatnya sensor dari pemerintah Orba.
Panglima ABRI saat itu, L.B. Moerdani, mengeklaim korban tewas hanya 18 orang dengan 53 luka-luka. Sebaliknya, data dari lembaga independen seperti Solidaritas untuk Peristiwa Tanjung Priok (Sontak) menyebutkan korban tewas mencapai tidak kurang dari 400 orang, belum termasuk korban luka-luka dan hilang.
Dampak dari tragedi ini berlanjut pada gelombang penangkapan massal. Sejumlah tokoh Islam, termasuk ulama Abdul Qadir Djaelani, AM Fatwa, dan puluhan aktivis lainnya, diseret ke pengadilan dan dijatuhi vonis bui belasan tahun dengan tuduhan sebagai aktor intelektual di balik kerusuhan berdarah tersebut.