Akhir Hayat di Pengasingan
Menjelang keruntuhan Nazi Jerman pada akhir Perang Dunia II, al-Husseini sempat berupaya mencari suaka ke Swiss. Setelah permintaannya ditolak, ia diamankan oleh pemerintah Prancis dan diperlakukan sebagai tahanan politik. Baru pada 1947, ia berhasil terbang ke Kairo setelah mendapat suaka dari pemerintah Mesir.
Dari luar negeri, ia terus menyuarakan perjuangan bagi kemerdekaan Palestina. Namun, kekalahan negara-negara Arab (Lebanon, Suriah, Yordania, Mesir, Irak, dan Arab Saudi) dalam perang melawan Israel pada 1948 membuat posisi politiknya perlahan meredup.
Syekh Muhammad Amin al-Husseini mengembuskan napas terakhirnya di Beirut pada 4 Juli 1974. Permintaan terakhirnya agar dimakamkan di kompleks Masjid al-Aqsa di Yerusalem tidak pernah terwujud akibat penolakan dari pemerintah Israel.