Tak lama kemudian, ia memperoleh kenaikan pangkat menjadi brigadir jenderal. Namun, masa jabatannya di posisi tersebut berlangsung singkat karena pada September 2014 ia dicopot dari jabatan Direktur Keuangan Angkatan Darat dan ditempatkan sebagai staf khusus Kepala Staf Angkatan Darat.
Pergeseran jabatan ini terjadi di tengah mulai terungkapnya dugaan penyimpangan anggaran yang dilakukannya selama bertugas di Kementerian Pertahanan.
Kasus yang menjerat Teddy berkaitan dengan penggelapan dana pembelian alutsista senilai sekitar 12,4 juta dolar AS atau hampir mencapai Rp146 miliar.
Baca Juga:Fatah Pilih Komite Baru, Nama Marwan Barghouti hingga Yasser Abbas MencuatSMAN 1 Pontianak Tolak Tanding Ulang LCC 4 Pilar MPR di Kalbar
Dana tersebut semestinya digunakan untuk pengadaan berbagai perlengkapan pertahanan, termasuk helikopter serang Apache dan pesawat tempur F-16 dikutip Jakarta Globe (1/12/2016).
Berdasarkan hasil penyelidikan, Teddy diduga mencairkan dana tanpa persetujuan pejabat keuangan maupun menteri terkait, kemudian menggunakan sebagian besar dana tersebut untuk kepentingan pribadi dan penyaluran dana kepada berbagai pihak.
Dugaan penyimpangan ini mulai terdeteksi melalui laporan Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) pada 2014, sebelum akhirnya dilakukan penyelidikan lebih lanjut oleh kepolisian militer dan Inspektorat Jenderal Kementerian Pertahanan yang saat itu dipimpin oleh Hadi Tjahjanto.
Persidangan Teddy Hernayadi digelar di Pengadilan Militer Jakarta pada 30 November 2016 dan menjadi salah satu kasus korupsi militer terbesar di Indonesia.
Dalam persidangan terungkap adanya 53 saksi yang diduga menerima aliran dana dari Teddy. Meski jaksa militer hanya menuntut hukuman 12 tahun penjara, majelis hakim militer yang dipimpin Brigjen TNI Deddy Suryanto menjatuhkan vonis jauh lebih berat, yaitu penjara seumur hidup serta pemecatan tidak hormat dari dinas militer. Teddy juga diwajibkan mengembalikan dana yang telah digelapkannya.
Vonis tersebut menjadikannya salah satu tokoh di Indonesia yang dijatuhi hukuman penjara seumur hidup karena kasus korupsi, setelah Adrian Waworuntu dan Akil Mochtar.
Dalam pembelaannya di persidangan, Teddy mengklaim bahwa tindakannya dilakukan demi kepentingan Indonesia dan mengkritik sistem penganggaran serta pengadaan alutsista yang dianggap bermasalah.
Baca Juga:Boeing KC-135 Stratotanker 'Pom Bensin Terbang' Militer AS Hilang Sinyal di Teluk ArabSaad al-Kaabi CEO QatarEnergy Ungkap Dirinya Ingatkan Amerika Serikat Bahaya Pasokan Energi Saat Konflik Iran
Namun, pengadilan tetap menyatakan dirinya terbukti bersalah melakukan penyalahgunaan wewenang dan penggelapan dana negara.
Setelah divonis, Teddy mengajukan berbagai upaya hukum, termasuk banding ke Pengadilan Militer Utama pada 2017 dan peninjauan kembali ke Mahkamah Agung pada 2020. Seluruh upaya tersebut ditolak sehingga vonis penjara seumur hidup tetap berlaku.