HFRS adalah kelompok penyakit serius dan terkadang mematikan yang menyerang ginjal. Gejala HFRS biasanya berkembang dalam satu hingga dua pekan setelah paparan. Dalam kasus yang jarang terjadi, gejala dapat muncul hingga delapanpekan kemudian.
Gejala awal HFRS muncul secara mendadak dan meliputi sakit kepala hebat, nyeri punggung dan perut, demam atau menggigil, mual, serta penglihatan kabur. Penderita juga dapat mengalami wajah memerah, peradangan atau kemerahan pada mata, serta ruam.
Pada tahap lanjut, gejala dapat berkembang menjadi tekanan darah rendah, kekurangan aliran darah (syok akut), perdarahan internal akibat kebocoran pembuluh darah, dan gagal ginjal akut yang dapat menyebabkan penumpukan cairan berat. Tingkat keparahan penyakit berbeda-beda tergantung strain virus penyebab infeksi. Infeksi Hantavirus strain Hantaan dan Dobrava biasanya menyebabkan gejala berat dengan angka kematian sekitar 5-15 persen. Sebaliknya, infeksi strain Seoul, Saaremaa, dan Puumala umumnya lebih ringan dengan angka kematian kurang dari 1 persen.