Setelah purna tugas dari institusi TNI AD, Sjafrie masih dipercaya untuk menempati beberapa posisi strategis di pemerintahan, terkhusus di bidang pertahanan. Sjafrie langsung dipercaya membantu pemerintahan, antara lain selama periode kedua pemerintahan Presiden ke-6 Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) sebagai Wakil Menteri Pertahanan (2010–2014), kemudian sebagai Asisten Menteri Pertahanan bidang Manajemen Pertahanan (2019–2024).
Kini, menteri tertua di Kabinet Merah Putih ini harus mengemban dua jabatan strategis sekaligus yakni Menko Polkam dan Menhan. Dua jabatan penting yang sangat mempengaruhi stabilitas politik, keamanan dan pertahanan negara.