TRUKAJAYA berasal dari bahasa jawa yaitu “teruko” dan “joyo” yang dimaknai sebagai suatu perjalanan jauh menapaki kehidupan baru dengan harapan akan berhasil di kelak kemudian hari. Yayasan ini resmi berdiri pada tanggal 6 Mei 1966.
Awalnya Trukajaya didirikan untuk program transmigrasi. Pada saat orde baru akan tumbang perekonomian dalam kondisi kritis dan tidak banyak lapangan pekerjaan tersedia terutama di daerah pedesaan. Penduduk ada yang melakukan transmigrasi secara spontan termasuk warga jemaat, dan ini menjadi perhatian Klasis Surakarta Barat. Saat sidang raya sinode Geredja-geredja Kristen Djawa IX tahun 1964 Klasis Surakarta Barat mengusulkan agar sinode GKD membentuk sebuah badan untuk menolong keluarga Kristen yang akan transmigrasi.
Pada akhirnya dalam Rapat Pleno Deputat pelaksana tahun 1965 untuk segera mendirikan suatu badan urusan transmigrasi yang dinamakan Yayasan Trukajaya ini, dan langsung diresmikan pada tahun 1966.
Baca Juga:Song Jae-rim Ditemukan Meninggal Penyebab Kematian Belum Terkonfirmasi, Ada 2 Lembar SuratPernah Ditolak Amerika Serikat, Kini Presiden Prabowo Subianto Menuju Washington
Trukajaya termasuk ke dalam salah satu lembaga perintis transmigrasi swakarsa di Indonesia, tetapi pada tahun 1973 pengurus sepakat menanggalkan kata “transmigrasi” menjadi Yayasan Kristen Trukajaya karena terkait pada kebijakan baru yang mempertegas bahwa transmigrasi adalah otoritas pemerintah.
Keputusan tersebut diambil sebagai bentuk antisipasi untuk melakukan dan memberikan pertolongan diakonia. Setelah itu Trukajaya merancang strategi baru yaitu menjalin kerjasama dengan pemerintah dalam persiapan transmigrasi. Trukajaya diberi tugas untuk menjaring, menyeleksi dan memberi pelatihan calon transmigrasi.
Itu terjadi disebabkan karena adanya Peraturan pemerintah No. 42 tahun 1973 menyebutkan transmigrasi dilaksanakan oleh instansi atau badan/ swasta atau gabungan/ kerjasama antara instansi pemerintah dan badan/swasta yang dimana kebijakan pemerintah tersebut tentu membatasi gerak Trukajaya.
Pada tahun 1970 sampai dengan 1991 menghadapi banyak persoalan seperti antara lain transparansi dan akuntabilitas keuangan yang mengganjal hati banyak orang, persoalan pembagian tanah dan hak kepemilikan tanah yang juga sangat rumit, batas-batas tanah milih Trukajaya yang tidak jelas, batas-batas tanah yang menjadi sengketa penduduk asli dan warga transmigrasi.
Masalah-masalah tersebut bisa diatasi walaupun tidak semudah itu, harus penuh perjuangan untuk menyelesaikannya.