Menurut laporan The Conversatiaon, pada abad ke-18, hubungan antara Muslim dan pemerintah China mulai berubah. Periode ini menyaksikan beberapa bentrokan dengan kekerasan, seiring pemerintah berusaha untuk melakukan kontrol lebih langsung atas wilayah di mana mayoritas Muslim tinggal.

Dinasti Qing—yang berlangsung dari tahun 1644 hingga 1911—menandai periode pertumbuhan populasi dan perluasan wilayah yang belum pernah terjadi sebelumnya. Selama periode ini, populasi Muslim bentrok dengan penguasa Qing dan memberontak pada banyak kesempatan.

Banyak pemberontakan dilakukan sebagai oposisi terhadap masuknya para migran, yang datang dari daerah-daerah padat penduduk China ke daerah-daerah yang sebelumnya tidak berada di bawah kendali langsung China. Pemberontakan-pemberontakan ini ditindas dengan keras oleh negara, yang mengakhiri periode akomodasi yang panjang bagi umat Islam di China.

Setelah berdirinya Republik Rakyat China (RRC) pada 1949, ahli etnografi dan antropolog membagi orang-orang yang tinggal di perbatasan negara baru menjadi 56 kelompok etnis berdasarkan kriteria yang relatif ambigu, seperti bahasa, wilayah, sejarah, dan tradisi bersama.

Dari kelompok-kelompok ini, 10 kelompok sekarang diakui sebagai Muslim minoritas. Mereka adalah (dalam urutan dari besar ke kecil berdasarkan ukuran populasi mereka): Hui, Uighur, Kazakh, Dongxiang, Kyrgyz, Salar, Tajik, Uzbek, Bonan, dan akhirnya Tatar, yang saat ini berjumlah sekitar 5.000 orang.

Pada tahun-tahun pertama setelah berdirinya Republik Rakyat China, umat Islam menikmati kebebasan beragama yang relatif. Namun, selama tahun-tahun awal Revolusi Kebudayaan yang kacau-balau antara tahun 1966 hingga 1969, masjid-masjid dihancurkan, salinan Alquran dihancurkan, umat Islam dilarang melakukan haji, dan semua ekspresi ke-Islaman dilarang oleh Penjaga Komunis Merah (Communist Red Guards).

Setelah kematian Mao Zedong pada 1976, Komunis mengadopsi kebijakan yang lebih longgar terhadap komunitas Muslim.

Namun ketegangan telah meningkat sejak 9/11, dan mencapai puncaknya pada tahun 2009 ketika ada kerusuhan etnis antara etnis Uighur dan Han di seluruh provinsi Xinjiang. Sejak itu, pemerintah China perlahan dan diam-diam meningkatkan pembatasan pada gerakan dan budaya Uighur dan Muslim minoritas lainnya.

Dalam 18 bulan terakhir, ketegangan ini telah diperburuk oleh penahanan ilegal terhadap masyarakat Muslim yang tinggal di wilayah Uighur di China barat. Sebuah kampanye yang awalnya dimulai terhadap masyarakat Uighur sekarang diperluas ke masyarakat Kazakh dan yang lainnya. Ada juga banyak bukti yang menunjukkan bahwa masyarakat Hui menghadapi peningkatan pembatasan.