Bahkan Kyai Khalifah akhirnya memberikan kepercayaan kepada santri dan menantunya ini untuk mendirikan pesantren sendiri di desa Gontor. Sebuah desa yang terletak disebelah timur laut dari Tegalsari.
Lambat laun, pesantren baru di desa Gontor ini mengalami perkembangan yang begitu pesat sehingga mengalahkan popularitas Gebang Tinatar-Tegalsari. Pesantren di desa Gontor tersebut adalah cikal bakal pesantren besar yang kini dikenal masyarakat dengan nama Pondok Modern Gontor.
Sejarah mencatat, sepeninggal Kyai Ageng Muhammad Besari tampuk kepemimpinan Pesantren ini secara berturut-turut dipegang oleh: Kyai Kasan Ilyas (1773-1800), Kyai Kasan Yahya (1800), kyai Kasan Besari (1800-1862), dan Kyai Kasan Anom.
Baca Juga:Ketika Prabowo Subianto-Jokowi Salat Jumat Bareng Sheikh Mohamed bin ZayedKitab Tantupagelaran: Bumi Miring Penyebabnya Gunung Meru di India Terlalu Berat, Akhirnya Pindah ke Tanah Jawa
Hingga kini Pesantren Tegalsari hidup dan berkembang dari generasi ke generasi. Tetapi, pada pertengahan abad ke-19 atau setelah generasi keempat keluarga Kyai Besari, Pesantren Tegalsari mulai surut. (*)