Munir mengambil studi ilmu hukum di Fakultas Hukum Universitas Brawijaya di Malang. Di bangku kuliah, ia aktif di Asosiasi Mahasiswa Hukum Indonesia, Forum Studi Mahasiswa untuk Pengembangan Berpikir, serta Himpunan Mahasiswa Islam; selain menjabat sebagai Ketua Senat Mahasiswa Fakultas Hukum. Ia lulus pada tahun 1989.
Setelah lulus kuliah, Munir menjadi relawan di Lembaga Bantuan Hukum (LBH) cabang Surabaya selama dua tahun, sebelum pindah kembali ke Malang sebagai kepala pos LBH Surabaya dan menjadi Wakil Ketua bidang Operasional YLBHI (Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia).
Munir terlibat dalam menangani dan mengadvokasi beberapa kasus pelanggaran HAM di Indonesia pada masa Orde Baru. Ia pernah menjadi penasihat hukum untuk keluarga tiga orang petani yang dibunuh TNI di proyek Waduk Nipah di Banyuates, Sampang dan keluarga korban penembakan di Lantek Barat, Galis, Bangkalan.
Baca Juga:Percepat Jarak Tempuh, Ini 10 Perjalanan Kereta Api Jarak Jauh Mulai Beroperasi 28 September 2022Mantan Kapolres OKU Timur Beberkan Fakta Persidangan Soal Setoran Wajib ke Atasan
Pada 1998, Munir ikut serta mendirikan Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan (KontraS), sebuah lembaga swadaya masyarakat yang bergerak di bidang hak asasi manusia, terutama penghilangan paksa dan pelanggaran hak asasi manusia lainnya.
Sebagai Koordinator Badan Pekerja KontraS, Munir ikut menangani kasus penghilangan paksa dan penculikan para aktivis HAM pada tahun 1997-1998 dan mahasiswa korban penembakan pada Tragedi Semanggi (1998).
Ia juga berperan aktif mengawal dan mengadvokasi kasus-kasus pelanggaran HAM berat di Aceh pada masa Operasi Jaring Merah (1990-1998) dan Operasi Terpadu (2003-2004).
Selepas tidak lagi menjadi pengurus di KontraS, Munir menjadi direktur Imparsial, sebuah lembaga swadaya masyarakat yang mengawasi penegakan dan penghormatan atas HAM di Indonesia. (*)