Agus Widjojo juga pernah menjabat Gubernur Lembaga Ketahanan Nasional (Lemhanas) sejak April 2016. Sebelumnya, dia pernah menjadi Wakil Ketua Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) mewakili Fraksi TNI/Polri. Jabatan terakhirnya di miltier adalah Kepala Staf Teritorial TNI.
Anak dari Pahlawan Revolusi Mayor Jenderal Sutoyo Siswomiharjo, satu dari enam jenderal yang wafat saat tragedi 30 September 1965 itu mendapatkan tugas baru sebagai Dubes RI untuk Filipina sejak 12 Januari 2022.
Agus meneruskan jejak sang ayah di militer. Agus masuk Akademi Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (Akabri) dan lulus 1977. Agus pernah dinas di Kostrad. Pensiun dengan pangkat Letnan Jenderal.