Pada 29 Oktober 2008, Antasari mengumumkan Aulia Pohan sebagai tersangka kasus aliran dana YPPI. Tidak lama sebelum penetapan tersangka, pimpinan eks Gubernur Bank Indonesia Burhanudin Abdullah divonis 5 tahun penjara.
Aulia ditahan KPK usai menjalani pemeriksaan keempat pada 27 November 2008. Pada 17 Juni 2009, Aulia Pohan divonis Pengadilan Tipikor selama 4,5 tahun penjara.
Aulia Pohan bebas pada 18 Agustus 2010 setelah mendapatkan remisi tiga bulan yang dalam hitungannya dia selesai menjalani dua pertiga masa hukuman.