Sampai kemudian pada Juni 1962, Filipina yang saat itu dipimpin Presiden Diosdado Macapagal mengajukan klaim atas kepemilikan wilayah Sabah.
Menurut Martin Meadows dalam “The Philippine Claim to North Borneo” yang terbit dalam Political Science Quarterly (Vol. 77, No. 3, 1962), Diosdado Macapagal telah terlibat dalam upaya mengklaim Sabah sejak menjadi Perwakilan Kongres Filipina pada 1949.
Dia punya pengalaman bernegosiasi dengan Inggris saat menjabat sebagai salah satu kepala divisi di Departemen Luar Negeri Filipina. Pada 1948, Macapagal terlibat dalam upaya pengembalian Kepulauan Turtle.
Baca Juga:Ketika Manusia Bertanya dan Mengugat, Jokowi Sudah MenjawabnyaUsai Aksi Protes Penggerebekan Imigrasi, Los Angeles Rusuh Donald Trump Kirim Ribuan Garda Nasional
Saat menjadi Perwakilan Kongres Filipina, Macapagal menyusun resolusi yang menyerukan kepada Pemerintah Filipina untuk mengklaim Sabah. Resolusi tersebut disetujui oleh Senat pada 1950. Dia mungkin juga terdorong oleh pemberitaan masif majalah The Philippines Free Press terkait status upaya klaim atas Sabah.
Pemerintah Filipina kemudian mengadakan pertemuan dengan Inggris yang berwenang atas Sabah sebelum berdirinya Federasi Malaysia. Pertemuan ini dihelat di London pada 28 Januari hingga 1 Februari 1963. Lain itu, Filipina juga mendengungkan masalah Sabah dalam forum Mafilindo yang diinisiasi Presiden Macapagal pada Juli 1963.
Lobi Filipina di Mafilindo menghasilkan wacana untuk mengadakan referendum di Sabah dan Serawak.
“Tampaknya ada kemungkinan tercapai kompromi pada bulan Agustus ketika Malaya sepakat untuk mengadakan penyelidikan terhadap pendapat umum di Sarawak dan Sabah sebelum pendirian federasi,” tulis Ricklefs dalam Sejarah Indonesia Modern 1200-2008 (2022).
Wacana Referendum tersebut juga sesuai dengan pesan yang disampaikan oleh Presiden Macapagal kepada Kongres Filipina pada 28 Januari 1963. Saat itu, Presiden Macapagal menyampaikan bahwa masyarakat Sabah harus diberi kesempatan untuk menentukan apakah mereka ingin merdeka atau ingin menjadi bagian dari Filipina atau menjadi bagian dari negara lain.
Pada 1963 pula, Sabah bergabung dengan Federasi Malaysia. Federasi Malaysia menganggap hal itu sebagai pelaksanaan atas hak rakyat Sabah untuk memilih. Hasil itu tentu tak sesuai dengan keinginan Filipina dan memanaskan hubungan diplomatik antara Federasi Malaysia dan Filipina.
Meski demikian, kedua negara lalu mengadakan pertemuan di Bangkok pada pertengahan 1968 untuk membahas kembali persoalan Sabah. Namun, tidak ada resolusi yang disepakati dari pertemuan tersebut.