Ia juga meyakini bahwa Jamaah Islamiyah yakni jaringan teroris di bawah pimpinan Hambali yang terafiliasi dengan Alqaeda itu sudah bertaubat dan tidak akan melakukan kegiatan terorisme kepada pemerintah Indonesia.
Hambali ditangkap di Thailand pada 11 Agustus 2003. Ia sempat ditahan di Jordania, lalu dipindahkan ke penjara super ketat milik Amerika Serikat di Teluk Guantanamo, Kuba.
Hambali ditahan di sana tanpa proses peradilan. Penahanan Hambali tanpa tanpa status tersebut dilakukan karena pemerintah Amerika Serikat berpijak pada hukum perang yang memungkinkan menahan seseorang tanpa dakwaan.