Pada Februari 2023, Japto terpilih sebagai Ketua Umum Pengurus Besar Persatuan Golf Indonesia (PGI) periode 2023-2027. Dia dikukuhkan dalam Musyawarah Nasional (Munas) 2023 di Intercontinental Jakarta Pondok Indah, Selasa, 21 Februari 2023.
Melansir dari laman Universitas Stekom, Japto menikah dengan Retno Suciati dan dikaruniai tiga orang anak. Salah satu anaknya adalah Raden Mas Sahid Abishalom Benninu Nugroho Noyosatwiko Soerjosoemarno atau yang lebih dikenal sebagai Abi Yapto. Dia merupakan suami dari aktris Indonesia Yasmine Wildblood.