Selama kekuasaan Orde Baru, PP—Golkar—intelijen tentara selalu beriringan. Bagi Golkar, Pemuda Pancasila adalah organisasi yang bergerak langsung di lapangan. Bagi intelijen orde baru, organisasi ini dipakai untuk “membersihkan tangan” rezim dalam setiap kekerasan.
Salah satunya ketika terjadi insiden kerusuhan 27 Juli 1996, di kantor pusat Partai Demokrasi Indonesia. Publik menduga PP terlibat dalam kerusuhan tersebut.
Namun bersamaan dengan lengsernya Soeharto pada tahun 1998, Pemuda Pancasila kehilangan pengaruhnya untuk sementara waktu. Gonjang-ganjing politik dan posisi Golkar yang sedang tidak menguntungkan ketika itu memungkinkan PP untuk mencari labuhan lain. Oleh karena itu, bertepatan dengan hari kelahiran Pancasila, pada 1 Juni 2001 Pada Japto mendirikan Partai Patriot Pancasila.
Baca Juga:Di Balik Tradisi Angpao di Tahun Baru ImlekKasus yang Bikin AKBP Bintoro Terseret Dugaan Pemerasan Nilai Miliaran Rupiah Terhadap Tersangka Pembunuhan
Partai berlambang burung garuda dengan sayap merah, hijau, dan kuning, berperisai merah-putih, berlambang sila-sila Pancasila ini mengikuti pemilu 2004. Tapi belakangan Partai Patriot Pancasila gagal memperoleh kursi di DPR, tidak juga lolos electoral threshold.
Bahkan pada pemilu 2009 ketika Partai Patriot Pancasila berubah nama menjadi Partai Patriot, partai pimpinan Japto ini pun masih gagal, meski Japto mengaku keanggotaan PP mencapai 4 juta anggota yang tersebar di seluruh Indonesia.
Tapi kegagalan Japto membuat partai bukan akhir dari cerita. Ia tetap memiliki pengaruh dan berjejaring dengan petinggi negara, tentara, tokoh bisnis, dan tentu saja keluarga Cendana.
Pada 2010 ketika terjadi kasus status kepemilikan Televisi Pendidikan Indonesia (TPI), Siti Hardiyati Roekmana alias Mba Tutut, anak Soeharto, menunjuk Japto sebagai Direktur Utama TPI. Harapan Tutut, Japto bisa menyelesaikan kasus ini. Namun belakangan TPI pun lepas dari tangan Tutut dan beralih ke Harry Tanoe.
Selang 3 tahun kabar itu beralihnya TPI ke tangan pemilik MNC Groups, publik dikejutkan dengan ancaman bom di rumah Japto. Bersamaan dengan itu pakem bom buku juga terjadi di Komunitas Utan Kayu, kantor BNN Cawang, rumah Ahmad Dhani Pondok Indah, dan rumah Ulil Abshar Abdala, ketua Jaringan Islam Liberal.
Belakangan beredar kabar Japto dijadikan sasaran terror karena ia jadi salah satu simbol keturunan Yahudi di Indonesia—hal yang sama juga berlaku pada Ahmad Dhani. Namun, sebagaimana diketahui, ledakan bom tak melukai sedikit pun Japto.