Namun perundingan tersebut tidak diikuti dengan tindakan tegas, oleh karena itu pada tanggal 2 April 2012 Capaldo membuat pernyataan publik yang menyatakan bahwa Vatikan mengetahui kebenaran kasus tersebut dan tidak akan mengganggu De Pedis. Keesokan harinya, ia dicopot dari jabatannya dan digantikan oleh Giuseppe Pignatone, yang membantah pernyataan sebelumnya dan memerintahkan agar kuburannya dipindahkan.
Spekulasi publik
Pada pagi hari tanggal 14 Mei 2001, pastor paroki gereja San Gregorio VII dekat Vatikan, menemukan tengkorak manusia berukuran kecil dan tidak memiliki rahang di dalam tas bergambar Padre Pio di ruang pengakuan dosa . Meskipun tidak teridentifikasi sebagai milik Orlandi, penemuan tersebut menimbulkan kecurigaan bahwa itu mungkin tengkoraknya.
Pada tanggal 6 April 2007, dalam khotbah Jumat Agung di Basilika Santo Petrus, Pendeta Raniero Cantalamessa menasihati jemaat untuk menebus dosa sebelum meninggal. Dia berkata, “Jangan membawa rahasiamu ke dalam kubur bersamamu!”
Baca Juga:Direktur Al Jazeera Salah Negm: Kerugian yang Kami Alami karena Penghentian Siaran Dibawa ke Jalur HukumBenda Bercahaya Kehijauan Melintasi Langit Yogyakarta, Pertanda Apa?
Hal ini memicu spekulasi bahwa dia menyarankan seseorang di Vatikan menyimpan informasi tentang hilangnya Orlandi. Juru bicara Vatikan Pendeta Federico Lombardi mengeluarkan pernyataan yang merinci kerja sama Vatikan dengan penyelidik sipil selama bertahun-tahun dan mengatakan Gereja tidak keberatan dengan pembukaan makam De Pedis, yang saat itu sedang ramai dibicarakan.
Pernyataan tersebut berbunyi, “Sejauh yang kami tahu, tidak ada yang disembunyikan, dan tidak ada ‘rahasia’ di Vatikan yang dapat diungkapkan mengenai masalah ini. Materi dari Vatikan diserahkan, pada waktunya, kepada hakim investigasi dan otoritas kepolisian.”
Pada bulan Oktober 2018, sisa-sisa yang ditemukan selama pekerjaan renovasi kedutaan Takhta Suci untuk Italia di Roma menjadi bahan spekulasi terkait perselingkuhan Orlandi. Seorang pengacara keluarga Orlandi keberatan dengan perhatian media, dengan mengatakan, “Kami tidak tahu mengapa hubungan dengan Emanuela dibuat…. Kami masih bertanya pada diri sendiri mengapa Anda menemukan beberapa tulang dan langsung berasumsi bahwa itu adalah milik Emanuela.”
Hasil tes yang dirilis pada 1 Februari 2019 menunjukkan sisa-sisa tersebut milik seorang pria Romawi yang meninggal antara tahun 190 dan 230 Masehi.