Setelah memeriksa rekaman video yang diterima para pejabat beberapa minggu kemudian, pihak berwenang yakin bahwa Pearl mungkin telah dibunuh sebelum email kedua dikirim. Selama rekaman itu, Pearl dipaksa untuk mengidentifikasi dirinya sebagai seorang Yahudi dan menyampaikan baris-baris naskah yang mengulangi beberapa tuntutan dan dibuat dalam email, menurut analisis FBI terhadap rekaman yang diberikan kepada Journal.
Pada 12 Februari 2002, sebelum pembunuhan Pearl diketahui, polisi Pakistan mengumumkan penangkapan Ahmed Omar Saeed Sheikh, mereka identifikasi sebagai tersangka utama di balik penculikan jurnalis tersebut.
Pada tanggal 14 Maret, AS dewan juri mendakwa Saeed, menuduhnya melakukan penyanderaan dan konspirasi untuk melakukan penyanderaan yang mengakibatkan pembunuhan Pearl. Jaksa juga membuka dakwaan rahasia yang diajukan terhadap Saeed pada bulan November 2001 dan menuduhnya ikut serta dalam penculikan warga AS pada tahun 1994. turis Bela Nuss di India. Pakistan menolak mengekstradisi Saeed, untuk menghindari pengungkapan hubungan antara badan intelijen negara itu dan kelompok Islam militan yang ingin dilenyapkan oleh Amerika.
Baca Juga:Beredar di Media Sosial Terkait Exit Poll Pemilu 2024 di Luar Negeri, Begini Kata KPUKekurangan Sopir Taksi-Bus, Jepang Gelar Ujian SIM dalam 20 Bahasa
Pada bulan April, Saeed dan tiga kaki tangannya—Salman Saqib, Fahad Naseem, dan Shaikh Adil—didakwa melakukan penculikan dan pembunuhan Pearl di hadapan pengadilan khusus anti-terorisme Pakistan. Persidangan tersebut, awalnya disetujui di Penjara Pusat Karachi dan kemudian dipindahkan ke penjara yang dijaga ketat di Hyderabad karena masalah keamanan, tertutup untuk jurnalis dan masyarakat umum.
Pada pertengahan bulan Mei, ketika persidangan sedang berlangsung, polisi menemukan mayat terpotong-potong diyakini sebagai Pearl yang dikuburkan di pinggiran Karachi, properti milik Al-Rashid Trust, sebuah badan amal Islam yang dituduh Amerika menyalurkan uang ke Al Qaeda. Polisi dilaporkan dibawa ke lokasi kuburan oleh Fazal Karim, anggota kelompok militan Muslim Sunni terlarang Lashkar-e-Jhangvi. Pada akhir tahun, Karim belum dikenai dakwaan, dan meski dilaporkan secara luas bahwa ia ditahan, pihak berwenang tidak pernah secara resmi mengakui penangkapannya.
Pada tanggal 15 Juli 2002, pengadilan anti-terorisme mengumumkan bahwa Saeed dan kaki tangannya bersalah atas penculikan dan pembunuhan Pearl. Saeed, yang dituduh mendalangi kejahatan tersebut, dijatuhi hukuman mati dengan cara digantung; Saqib, Naseem, dan Adil masing-masing menerima hukuman penjara 25 tahun. Mereka mengajukan banding atas keputusan tersebut.