Selama menuntut ilmu di Persia dan Bagdad, Syekh Siti Jenar juga mengunjungi kota Suci Mekah dan Madinah untuk menunaikan Ibadah Haji dan berguru pada ulama-ulama yang ada di kedua kota suci tersebut. Akan tetapi di dua Kota suci tersebut Siti Jenar tidak terlampau lama, ia kembali lagi ke Bagdad untuk belajar dan mengajarkan ilmu yang ia dapat.
Siti Jenar Kembali Ke Cirebon
Selepas puas menuntut ilmu di timur tengah, Siti Jenar kembali ke Cirebon untuk mengajarkan ilmu yang ia dapat kepada masyarakat Cirebon, oleh karena itu selepas kedatangannya ke Cirebon ia langsung bergabung dengan gurunya Syekh Nurjati untuk membantu mengembangkan pesantren Giri Amparan Jati. Kedatangan kembali Syekh Siti Jenar ke Cirebon diperkirakan terjadi pada tahun 1463.
Pengalaman yang didapat Syekh Siti Jenar dari pengembaraan intelektualnya dipusat pendidikan Islam membuatnya mahir dalam mengelola kegiatan pembelajaran di Pesantren Giri Amparan Jati, oleh karena itu selepas kedatangannya, pertumbuhan pesantren dikisahkan maju pesat.
Siti Jenar Membangun Pesantren Lemah Abang
Baca Juga:Syekh Lemah Abang Menurut Pustaka Rajya Rajya i Bhumi Nusantara4 hari Lagi 83 KK Di Kelurahan Gumuruh Kena Gusur, Warga: Kami Harus Ngadu Sama Siapa?
Ketika Syekh Nurjati wafat, secara oromatis pengasuh utama pesantren Gri Amparan Jati kosong, oleh karena itu Syekh Siti Jenar ditunjuk sebagai penggantinya, akan tetapi Siti Jenar menolak, ia justru membentuk kepengurusan bersama dengan membentuk dewan guru. Yang beranggotakan murid-murid Syekh Nurjati yang utama.
Pesantren Lemah Abang yang dibangun Syekh Siti Jenar berbeda dengan Pesantren yang ada di Giri Amparan Jati, sebab di pesantren tersebut Syekh Siti Jenar memfokuskan pendidikan tasawuf, meskipun begitu kegiatan pembelajaran di dalamnya menggunakan praktik-praktik pembelajaran yang mutakhir dizamannya, sebab Syekh Siti Jenar meniru gaya pembelajaran yang ia peroleh ketika menuntut ilmu di Bagdad.
Kedalaman Ilmu Tasawuf yang dimiliki Syekh Siti Jenar serta manajemen tata kelola pesantren dan metodologi pembelajaran mutakhir yang di gunakan Syekh Siti Jenar membuat pesantren tersebut mendapatkan pamornya. Bahkan menurut Naskah Mertasinga jumlah santri di Pesantren Giri Amparan Jati kalah banyak dibandingkan jumlah santri di pesantren yang didirikan oleh Syekh Siti Jenar.