Kecurigaan Soeyono bisa ditelusuri bila menelaah intruksi Panglima ABRI, Jenderal Feisal Tanjung. Sebelumnya, Feisal Tanjung sudah memerintahkan agar penanganan operasi pembebasan sandera diserahkan kepada perwira menengah berpangkat kolonel. Tidak perlu perwira tinggi selevel Danjen.
Keputusan Feisal Tanjung membuat Prabowo jengkel karena terancam gagal memimpin operasi yang bergengsi ini. Namun dalam amatan Soeyono, Prabowo tak semestinya memerintahkan bawahannya menolak membeberkan konsep operasi kepada Mabes ABRI. Soeyono sendiri langsung melaporkan penyimpangan prosedur yang terjadi kepada Jenderal Feisal Tanjung.
Misi terselubung di balik Operasi Mapenduma juga ditengarai aktivis HAM Papua, Decky Natalis Pigay. Dalam Evolusi Nasionalisme dan Sejarah Konflik di Papua, Decki menyebutkan bahwa saat itu, citra ABRI khususnya Kopassus tercoreng di mata internasional. Setahun sebelum Operasi Mapenduma, Kopassus terlibat dalam aksi kekerasan di Timika.
Baca Juga:Ini Daftar Nama Kabinet Indonesia Maju Jokowi-Ma’rufDuduk Bersila, Jokowi Beri Nama Kabinet Indonesia Maju
“Upaya pembebasan ini menjadi misteri,” tulis Natalis Pigay. “Di mata luar negeri nama besar Kopassus kian surut, keinginan Prabowo (dalam Operasi Mapenduma –red) untuk mengembalikan derajat ABRI sesudah namanya terpuruk saat tahun sebelumnya diduga terlibat penculikan dan pembunuhan di Timika yang terkenal dengan ‘Peristiwa Timika’ (pelanggaran HAM oleh ABRI).”(*)