Lamaran Habibie diterima Ainun. Habibie pun rutin mengantar Ainun ke Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo, tempat Ainun bekerja di bagian anak-anak. Habibie juga rutin menjemput Ainun dengan becak saat jam kerja usai.
Pacaran mereka tak lama. Pada 12 Mei 1962, Habibie dan Ainun melangsungkan pernikahan. Setelah itu mereka pindah ke Jerman dan memulai hidup dari nol. Mereka tinggal di rumah susun di luar Aachen, Jerman. Penghasilan Habibie pas-pasan. Ia menerima setengah gaji Diploma Ingineur karena bekerja setengah hari sebagai asisten di Institute Konstruksi Ringan. Ia juga mendapat 600 Deutsche Mark dari DAAD, dinas beasiswa Jerman.
Habibie yang tiap hari naik bus untuk sampai ke tempat kerjanya, seringkali harus berjalan kaki 15 kilometer kalau sedang kekurangan uang untuk membeli kartu langganan bulanan bus. Perjalanan jauh itu mengakibatkan sepatunya lekas jebol. Habibie baru akan menambalnya kalau sudah musim dingin karena untuk menghindari salju atau udara dingin menembus ke dalamnya.
Baca Juga:Kepergian BJ Habibie Duka Bank MuamalatJenazah BJ Habibie Sebelah Pusara Ainun
Jauhnya tempat tinggal mereka sedikit merepotkan Ainun yang kala itu sedang hamil. Untuk memeriksakan kandungannya, ia harus naik bus ke kota. Namun, bus itu hanya lewat dua jam sekali.
Asuransi kesehatan untuk Ainun yang sedang hamil terbilang tinggi. Ia pun putar otak untuk menghemat pengeluaran dengan menjahit baju musim dingin, pakaian bayi, dan memperbaiki baju musim dinginnya sendiri.
Untuk menambah pernghasilan, terlebih mempersiapkan persalinan istrinya, Habibie bekerja sebagai ahli konstruksi di pabrik kereta api Waggonfabrik Talbot. Tugasnya mendesain gerbong-gerbong kereta.
Dalam keterbatasan finansial itu, anak pertama mereka lahir pada 1963. Empat tahun berselang, menyusul lahir anak kedua. Habibie-Ainun terus menjalani keseharian dengan bahagia bersama dua buah hati di Jerman hingga panggilan Soeharto untuk kembali ke Indonesia datang pada 1974.
Di tanah air, Habibie berkarier sesuai minatnya. Alhasil, prestasi demi prestasi terus diraihnya. Dukungan penuh Ainunlah yang ikut membuat karier Habibie meroket hingga menempatkannya ke dalam jajaran tokoh terpenting negeri ini.
Namun, kisah cinta Habibie-Ainun akhirnya berakhir pada 22 Mei 2010 karena kanker ovarium merenggut nyawa Ainun. Habibie yang sangat mencintai istrinya, November tahun itu juga meluncurkan buku Habibie & Ainun yang mengisahkan 48 tahun perjalanan cinta mereka. Romansa cinta keduanya bahkan difilmkan oleh MD Pictures pada 2012. Pengakuan Habibie dalam Mata Najwa Juni 2019, bahwa cintanya pada Ainun tak terpisahkan oleh maut. Tiap Jumat ia selalu ziarah ke makam Ainun dan mengiriminya doa tiap malam.